Kofun (300 - 710)
El período Kofun recibió este nombre por el "gran kofun" (en japonés, 'túmulo') que marcaba las tumbas de los emperadores y nobles japoneses, lo que demuestra que el principal rasgo de este período fue la unificación de Japón bajo la casa imperial. De acuerdo con las crónicas, el emperador Jimmu, con su poder establecido en Kyushu, dirigió a sus ejércitos hacia el norte y extendió sus dominios hasta Yamato, una provincia en el centro de Honshu, que dio su nombre a la casa imperial y después a todo el antiguo Japón; sin embargo, los restos históricos y arqueológicos contradicen las fechas tradicionales que reciben estas hazañas.
Nara (710 - 794)
Tradicionalmente, las capitales imperiales niponas se trasladaban después de la muerte del soberano siguiendo rituales sintoístas. En el año 710, la capital cambió de Asuka a Heijo-kyo (actual Nara) y la costumbre desapareció. Bajo el emperador Shomu (reinó desde el 715 hasta el 756) y su consorte Fujiwara, Japón experimentó un gran florecimiento cultural. El Gran Buda (finalizado en el 752), construido en el que es todavía el mayor templo de madera del mundo, simbolizó la devoción al budismo del Japón Nara. Se establecieron conexiones extensivas con la dinastía Tang de China y Japón se convirtió en el extremo oriental de la Ruta de la Seda. Posteriormente, el sistema ritsu-ryo fue modificado en el 743 para alentar el desarrollo de las nuevas tierras de labor mediante la concesión de los derechos completos de propiedad a cualquiera que los explotara. Esta medida permitió que las grandes familias y templos vieran el camino abierto para asegurar su independencia y poder.
El período Nara fue prolífico en hitos de tradiciones nativas: la realización de dos historias nacionales, Kojiki y Nihon shoki, la compilación de la primera gran antología poética, el Man'yoshu ('Antología de Innumerables Hojas') y la proliferación del arte budista. El sistema ritsu-ryo funcionó bien, pero el poder secular de los grandes templos fue incrementándose de forma gravosa para la casa imperial. Por último, en el 784, el emperador Kammu (reinó desde el 781 hasta el 806) se separó de la influencia de los templos de Nara al trasladar la capital imperial primero a Nagaoka-kyo y tres años después a Heian-kyo (posteriormente Kyoto), que hasta 1868 fue la capital de Japón.
Heian (794 - 1185)
Denominado así por la nueva capital, este período introdujo a Japón en 350 años de paz y prosperidad. Hacia el siglo IX, la corte de Yamato gobernaba todas las islas principales de Japón excepto Hokkaido, aunque las campañas de pacificación prosiguieron para someter a los habitantes aborígenes del norte de Honshu. Sin embargo, durante el siglo IX, los emperadores comenzaron a retirarse del gobierno activo; delegando los asuntos de gobierno en sus subordinados, se retiraron de la vida pública y, a la vez, se les consideró más como abstracciones que directores de la vida nacional, en parte debido a los onerosos deberes rituales impuestos al emperador como cabeza del culto estatal sintoísta. El retiro de los emperadores estuvo acompañado por el aumento de poder de la familia Fujiwara cuyos miembros y en el año 858, se convirtieron en los amos virtuales de Japón y mantuvieron su poder durante los tres siglos siguientes monopolizando los altos cargos cortesanos y controlando a la familia imperial mediante el matrimonio de sus hijas con emperadores generación tras generación, a los que se les animaba a retirarse pronto en favor de los sucesores infantiles dominados por los regentes Fujiwara. En el 884, Fujiwara Mototsune pasó a ser el primer dictador civil oficial (kampaku). El más destacado de los dirigentes Fujiwara fue Fujiwara Michinaga, cuyas cinco hijas se casaron sucesivamente con emperadores y desde el 995 hasta 1028 dominó la corte.
El período de supremacía Fujiwara estuvo marcado por el gran florecimiento de la cultura japonesa y por el crecimiento de una civilización muy influida, pero no dominada, por la china, que fue su origen. El Kokinshu ('Antología de poemas antiguos y modernos'), primera de las grandes antologías poéticas imperiales, fue compilado en el 905. Se considera que la dictadura de Michinaga fue la época de esplendor de la literatura japonesa en la que destacaron las cortesanas Murasaki Shikibu y Sei Shonagon, dos de las grandes escritoras de la época. Las principales sectas del budismo, el Tendai y el Shingon, consiguieron una inmensa riqueza y poder y se convirtieron en mecenas de las artes. El carácter del gobierno también cambió bajo los Fujiwara aumentando la centralización de la administración al tiempo que el país se dividió en grandes estados nobiliarios de carácter hereditario, libres de impuestos o unidos a los grandes templos budistas. La mayoría de los campesinos estaban dispuestos a unir sus tierras a estos estados para escapar de los impuestos excesivos de las tierras públicas que les habían repartido, por lo que los grandes dominios privados se extendieron por todo el país.
La hegemonía Fujiwara decayó después de la muerte de Michinaga en el 1028. A mediados del siglo XI, los Fujiwara perdieron el monopolio de las consortes imperiales y los emperadores retirados se convirtieron en el núcleo de un nuevo sistema de 'gobierno de claustro', por el que los emperadores abdicaban después de realizar votos budistas y dejaban la administración en favor de los emperadores reinantes. Mientras tanto, en las provincias surgieron grupos locales de guerreros o samurai que defendían a sus dueños aristocráticos favoreciendo la creación de un sistema profeudal. Los dirigentes de estos grupos solían ser miembros de los clanes Taira y Minamoto, ambos fundados por príncipes imperiales, o de grupos aristocráticos similares que habían buscado nuevas riquezas y oportunidades fuera de Kyoto. Los guerreros Taira adquirieron su fama y poder en el suroeste; los Minamoto, en el este. En el siglo XII, los dos grandes clanes militares extendieron su poder a la corte, iniciando una lucha por el control de Japón.
En 1156, una guerra civil (el Disturbio Hogen), estalló entre los emperadores retirados y reinantes y las ramas asociadas de la familia Fujiwara, dando entrada a los clanes militares. Después de la segunda guerra, el Disturbio Heiji (1159-1160), los Taira aplastaron a los Minamoto y tomaron el control de Japón, antes en manos de los Fujiwara. El dirigente Taira, Taira Kiyomori, fue nombrado ministro jefe en 1167 y, modelando sus políticas en las de los Fujiwara, monopolizó los cargos de la corte con los miembros de su familia y casó a su hija con un príncipe imperial; su hijo pequeño Antoku se convirtió en emperador en 1180. En el mismo año, un dirigente superviviente Minamoto, Minamotono Yoritomo, erigió su cuartel en Kamakura, en el este de Japón, y comenzó un levantamiento que después de cinco años de guerra civil, en la batalla naval de Dannoura (1185), cerca de lo que hoy en día es Shimonoseki, en el mar Interior, derrotó y expulsó a los Taira. Yoritomo se convirtió en el dirigente de Japón, finalizando la era de administración imperial e inaugurando una dictadura militar que dirigió Japón los siete siglos siguientes.
Kamakura (1185-1333)
Enfatizando la casi completa ruptura entre las formas de gobierno civil y militar, Yoritomo permaneció en Kamakura, y utilizó su cuartel de campo, el bakufu (en japonés, 'gobierno de tienda'), como núcleo de su nueva administración. En adelante, el feudalismo japonés se desarrolló hasta que fue más fuerte que la administración imperial. Yoritomo nombró guardias y administradores que dirigieran las provincias y los estados hacendados en paralelo con los gobernantes y propietarios oficiales. En 1192 creó el cargo del Seiitaisogún ('gran general bárbaro dominado'), por lo general abreviado como sogún, el comandante militar en jefe, con autoridad para actuar contra los enemigos del emperador en cualquier momento. Mediante esta red militar, Yoritomo era ya el dirigente virtual de Japón, así como dirigente titular de su sogunado, ante el que el emperador y su corte carecían de poder. Kamakura se convirtió en sede del poder real, gobierno verdadero, mientras que Kyoto permaneció como la corte titular sin ningún poder.
En 1219, la familia Hojo, mediante una serie de conspiraciones y asesinatos que eliminaron a los herederos Minamoto y a sus seguidores, pasaron a ser los dirigentes militares de Japón. Ningún Hojo fue sogún; en su lugar, la familia nombró sogunes figurados, a veces niños pequeños, mientras un dirigente Hojo gobernaba como shikken (regente), con poder real.
A pesar de la conclusión violenta de la larga paz Heian, el Japón Kamakura fue fértil culturalmente. La trágica caída de los Taira se inmortalizó en una epopeya bélica, el Heike monogatari ('Los relatos del clan Taira', c. 1220). La tradición poética clásica quizás alcanzó su punto más alto con la compilación realizada en 1205 del Shin kokinshu ('Nueva antología de poemas antiguos y modernos') por Fujiwara Teika bajo el emperador Go-Toba. Las nuevas formas de budismo, especialmente las escuelas de la Tierra Pura y Zen, se extendieron y alcanzaron mayor popularidad que las sectas más antiguas. Las sectas Zen y los dirigentes militares honrados estimularon la escultura vigorosa de Unkei y sus sucesores.
Muromachi (1333-1568)
Desde 1333 hasta 1336, Daigo II Tenno intentó restaurar la administración imperial. Sus ideas reaccionarias predestinaron su fracaso y Ashikaga Takauji se sublevó, instaló su propio candidato a emperador y expulsó a Daigo de Kyoto, que se refugió en Yoshino; sus seguidores se trasladaron a Yoshino, una región al sur de Nara, en Honshu, y establecieron una corte rival. En 1338, Takauji se convirtió en sogún y erigió su propio bakufu en Kyoto. El distrito Muromachi de Kyoto (que pasó a ser la sede del sogunado de Ashikaga), dio su nombre al período de su gobierno. La guerra civil entre Daigo y sus sucesores y los emperadores controlados por los Ashikaga continuó durante 56 años. Por fin, en 1392, un enviado Ashikaga persuadió al emperador verdadero en Yoshino para abdicar y renunciar a las insignias imperiales sagradas. Con sus candidatos reconocidos como emperadores de derecho, los sogunes Ashikaga fueron, en teoría, los dirigentes legítimos de todo Japón, aunque nunca pudieron ejercer el control absoluto sobre los poderosos daimio. El tercer sogún Ashikaga, Yoshimitsu, se distinguió por su enérgico gobierno y por patrocinar la obra Zeami de teatro no. En general, el período Muromachi fue uno de los más refinados temas artísticos y literarios. Esta época también vio el desarrollo del budismo como fuerza política; durante algunos siglos, los monasterios budistas habían sido tan ricos y poderosos que fueron grandes fuerzas en el país, cambiando la tendencia de los enfrentamientos medievales con sus ejércitos fuertes y sus monasterios fortificados.